Nos encontramos en la parte posterior del templo, el ábside, orientado al noreste. Es un caso curioso, puesto que la iglesia está desplazada respecto al resto del parcelario urbano. Las iglesias construidas a propósito de nueva planta procuraban siempre seguir el eje correcto este-oeste, así que el hecho que esta esté desplazada parece responder a la teoría popular de que antes de la iglesia había una mezquita, cuyo muro de oración, denominado quibla, estaría en el lateral derecho, orientado correctamente al sureste, en dirección a La Meca.

Si bien es cierto que la gran parte del templo que vemos hoy en día es de las reformas del siglo XVII, antiguamente había una ermita originaria del siglo XIV donde la imagen principal era una talla de la Virgen de la Misericordia, desaparecida durante la Guerra Civil.

Senija fue elevada a vicaría de moriscos dependiente de Benissa en 1535, y finalmente separada y constituida como parroquia propia en 1569. Muy probablemente, de esta época dataría el arco apuntado de claro estilo gótico realizado con ladrillos, una técnica muy utilizada en construcciones públicas de zonas más rurales para abaratar costes respecto a los arcos apuntados de piedra labrada que podemos observar en grandes construcciones de aquella época como la Llotja de la Seda de València.

Dentro del arco encontramos una reproducción de un panel cerámico valenciano del siglo XVIII representando a la Virgen de los Desamparados, que se conserva dentro de la iglesia. Este panel cerámico consta de doce azulejos de unos 21 x 21 centímetros, el llamado pam valencià, característica fundamental de la taulelleria valenciana del s. XVIII.