La iglesia de Sant Francesc de Paula de El Ràfol d'Almúnia, datada en el siglo XVI, fue probablemente el primer templo cristiano de la Rectoria. Se edificó sobre la antigua mezquita, y en el siglo XVII se volvió a construir otro templo encima. La iglesia actual es de estilo barroco y data del siglo XVIII, ya que probablemente alrededor de 1770 el templo se quemó y tuvo que reconstruirse.

En el interior del templo nos encontramos con una nave única de planta cruciforme inscrita en un rectángulo, con capillas laterales entre contrafuertes. La nave central se cubre con bóveda de cañón con lunetos sobre arcos torales, mientras que el crucero tiene una bóveda vaída de mayores dimensiones.

Toda la ornamentación descubierta es propia del lenguaje clasicista. Podemos encontrar una imagen antigua de san Francisco de Paula del escultor Esteve Bonet y también hay otra imagen antigua de san José que se atribuye al escultor Vergara.

En el exterior destaca el acceso marcado con sillares neoclásicos diferenciados de la desnuda fachada-retablo y una torre campanario cuadrada de dos cuerpos.