La ermita de Sant Joan hace esquina con las calles Pontevedra y Ferrol, esta última paralela y muy próxima a la transitada avenida de Ondara. Entre estas calles queda delimitado el espacio ocupado por el antiguo cementerio de Jávea, situado en las afueras de su casco urbano y en el sur de este.
Es otro de los templos más antiguos de la villa, que fue construido a finales del siglo XV o principios del siglo XVI. Lugar bajo la advocación de san Juan, muy venerado en Jávea, a partir de 1817 pasó a ser la capilla funeraria del cementerio junto al cual se encontraba. De hecho, bajo su suelo se han encontrado entierros realizados entre este año y 1849.
La ermita no mantiene culto religioso y desde finales del siglo pasado se beneficia de un proyecto de rehabilitación que pretende hacer visitable el monumento, el cual ha sido ya abierto al público en las últimas festividades del Día de Todos los Santos.
Es un edificio rectangular con cubierta de tejas a doble vertiente poco pronunciada. El lado derecho da al recinto del cementerio, de manera que su fachada forma ángulo recto con el acceso a este. La fachada tiene su mitad superior blanqueada, mientras que la inferior es de sillares irregulares dejados a la vista y que enmarcan también la puerta rectangular y una ventana enrejada a cada lado. En las hojas enchapadas de la puerta se distinguen, entre filigranas florales, el grabado de dos calaveras con las tibias cruzadas. Todo esto fue seguramente fruto de alguna intervención realizada al ser destinada a capilla funeraria, puesto que la entrada debió de ser originariamente de medio punto. Por encima, en el frontón y desplazado hacia la izquierda respecto al eje de la fachada, se abre un pequeño óculo redondo.
La nave está dividida en tres tramos por dos arcos, uno de ellos de medio punto y otro apuntado, aunque originalmente debieron de ser los dos de este último estilo. El techo es de barraca, con las vigas de madera dejadas a la vista. La cabecera es lisa y vaciada, sin ninguna imagen ni objetos de culto. Desde las excavaciones arqueológicas realizadas en 2010, se han dejado abiertas en el piso las tumbas correspondientes a los treinta entierros aquí descubiertos.